MACCLADE（Maddison and Maddison, 1992）是一个交互式的Macintosh程序，能够对进
化树和数据进行操作，能够研究特征符的系统发育行为。程序使用的是NEXUS格式，它也
能够读取 PAUP格式的数据和进化树文件。PAUP文件中的一些信息会被MACCLADE忽略（比
如，gapmode，空位模式），但是PAUP“假定”块中的信息将会被 输入，其中包括特征
符权重和特征符集以及分类群集。PAUP和MACCLADE文件仍然存在着一些细微的差别；因
此，用MACCLADE编辑PAUP文件或者用PAUP编辑MACCLADE文件时，需要将文件保存为一个
新文件，从而保留原文件，使之不被改动。MACCLADE还可以读取PHYLIP文件、NBRF-PIR
文件以及文本文件（见上）。可以使用任何方法产生进化树，但是MACCLADE的功能是严
格地基于节约方法的。举个例子，程序允许使用者追踪任意进化树上的每一个单独特征
符的进化轨迹。不管怎么说，MP和ML重新构建的功能是不同的，而且ML功能据称更加实
际一些（Swofford et al., 1996a）。进化树的拓扑结构可以通过拖动树枝进行操作，
而点击树枝则会在进化树的对称性上产生审美的修饰。
MACCLADE包括如下一些同序列
分析相关的附加的特色：
能够方便地编辑模糊区域的数据编辑器，因为序列块可能会被转变为丢失的数据符号。
RNA或者DNA翻译成氨基酸数据。
识别IUPAC核苷酸的模糊密码。
以特征符数目和进化树上变化的数目为维度的图表，通过这张图，可以直观地观察位点
内部的速率差异性。
一个MP进化树的各种碱基之间相互转变的总量的图表（“状态转变和统计”图表：其中
有些数据可能是在文献中被错误地报告为取代“速率”，但是对于树枝长度或者位点内
部的速率差异完全没有修正）。
根据四种不同的规则将状态转变和统计数值转化为一个权重矩阵。
计算密码子位点。
为制图功能以及从数据集中切除位点选择密码子位置。
一个基本的比对编辑器，允许拖拉被选的序列块。
能够输出同PRETTY格式相似的数据，其中的序列块由空格分开，并且与第一个序列相匹
配的碱基标记为“.”。
同PAUP相似的一个进化树图形编辑器，同样允许在每一个数值上对特征符变化作出标记
。
为PAUP分析定义约束进化树的简单方法（仅仅是简单地瓦解那些非约束的节点，然后将
进化树存储为一个文件）。
作者的网站：
http://macclade.org/macclade.html
程序界面：
现货价格为 1700元，包括发票、邮费等全部费用。
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本帖最后由 tanjie 于 4-10-2007 15:03 编辑 ]
